很多大棚生產過程中，對土壤做了薄膜覆蓋，得不到陽光的照射和雨水的“滋潤”，因為植物結構單一，就容易造成土壤養分失衡問題，影響植物的產量和品質，這是目前大棚種植所面臨且需要解決的問題。大棚內土壤養分的分析可以利用土壤氮磷鉀檢測儀進行分析測定。

    有研究發現：在施肥量相同的情況下大棚生產的耕層土壤的含鹽量為露地生產的4倍。因為大棚生產施入的肥料不受雨水淋溶損失，除了一小部分被作物當季吸收外，未被利用的養分全部滯留在土壤中。因此，在施肥量相同的條件下，土壤溶液的濃度要比露地栽培高得多，而且由于毛細管的作用，土壤水分向上移動，導致鹽分集中于耕表層內，致使大棚生產的土壤鹽漬化。在鹽分含量較高的土壤上栽種蔬菜等園藝作物，由于土壤溶液的滲透壓太高，作物根部對土壤水分和養分的吸收遇到困難，影響作物正常生長，嚴重時會燒苗死根。通過土壤氮磷鉀檢測儀的檢測分析還發現，大棚生產的土壤存在著酸性逐步增強的趨勢。特別是多年連續進行大棚生產，土壤中殘留的氮在微生物的作用下，以硝酸形態大量積累。實踐表明，在多年連續施用硫酸按、氯化按等生理酸性肥料，土壤酸化迅速，PH值下降十分明顯，構成了蔬菜等園藝作物栽培的土壤障礙。
    因為，大棚種植用的有機肥料是纖維素多的即碳氮比高的有機肥。實行基肥深施、追肥，用化肥作基肥時要進行深施，將化肥與有機肥混合施于地表，然后進行翻耕，這樣使多數肥料施到表土以下，以免過多增加表土的含鹽量。追肥一般很難深施，故應嚴格控制用量，寧可用增加追肥次數的辦法來滿足蔬菜對養分的需求。另外，能配合土壤氮磷鉀檢測儀的測量進行施肥。